Omenapuun oksat vaativat säännöllistä leikkaamista, jotta puun oksista tulee vahvempia ja latvuksesta ilmava. Tällä tavoin aurinko pääsee latvuksen sisään helpommin, ja omenasadosta tulee maukas ja hedelmistä suurempia. Samalla puu myös säilyy paremmin taudeilta.
Omenapuita tulee leikata joka vuosi, mutta vain vähän kerrallaan. Etenkin nuoren omenapuun leikkaamisesta on tärkeää huolehtia, vaikka tällöin oksia leikataankin mahdollisimman vähän. Kun puu on ohittanut peruskasvuvaiheensa, noin viiden vuoden kuluttua istutuksesta, sen leikkaustarve vähenee.
Säännöllisellä leikkaamisella puu voi hyvin, ja samalla vältytään liialliselta oksien poistolta. Jos oksia poistetaan kerralla liikaa, kiihdyttää tämä vain turhaa versoamista, mikä taasen aiheuttaa oksiston tihentymistä ja sadon vähenemistä. Lisäksi liiallisesta leikkaamisesta syntyneet vesiversot voivat repeytyessään aiheuttaa puulle suuriakin haavoja. Pitkään hoitamattomana olleiden omenapuiden leikkaukset onkin syytä jakaa useammalle vuodelle.
Omenapuita tulee myös leikata sitä varovaisemmin, mitä pohjoisempana ollaan, jotta vältytään mahdollisilta, liiallisen leikkaamisen aiheuttamilta, pakkasvaurioilta.
Tietysti, jos tavoitteenasi ei ole suuri hedelmäsato, voit toki hieman tinkiä omenapuun leikkauksesta. Mutta poista kuitenkin toisiaan hankaavat, sisäänpäin tai kohtisuoraan ylöspäin kasvavat sekä liian tiheässä kasvavat oksat silti vuosittain. Leikkaa pois liian alhaalla roikkuvat oksat sekä puun tyvellä kasvavat vesiversot. Vaurioituneet ja kuolleet oksat kannattaa poistaa jo heti niiden ilmaantuessa.
Omenapuun nuorennusleikkaus
On normaalia, että ajan mittaan omenapuu kuitenkin aina hieman tiivistyy ja ränsistyy. Jos vanhasta omenapuusta haluaa paremman sadon, sille voi tehdä latvuksen uudistusleikkauksen. Uudistusleikkaus kuitenkin rasittaa puuta, joten toimenpide on hyvä ajoittaa usealle vuodelle.
Ensimmäisenä vuonna puusta poistetaan 2–3 paksua runkohaaraa latvuksen sisältä ja lisäksi ohuita oksia. Seuraavina parina vuotena jäljelle jääneitä oksia leikataan noin 1,5–2 metrin korkuisiksi.
Heti ensimmäisenä vuonna leikkauspinnan ympäriltä kasvaa runsaasti ohuita, piiskamaisia versoja, jotka tulee poistaa. Versot poistetaan niin, että jäljelle jää 2-3 voimakkainta, yläviistoon kasvavaa versoa. Näistä sitten jatkossa kasvaa nuorennetun puun uusi oksisto.
Omenapuun raakileharvennus

Omenapuun satomäärät vaihtelevat hieman vuosittain. Toisinaan puu antaa hyvinkin satoa, toisina vuosina taas sato voi jäädä hyvinkin onnettomaksi. Omenapuusta raakileita harventamalla voikin vaikuttaa seuraavan vuoden satoon. Kun harvennat osan raakileista, puu jaksaa paremmin muodostaa uusia kukkasilmuja. Raakileharvennuksen ansiosta myös kypsyvät omenat ovat suurempia ja laadultaan parempia.

